肿瘤信号通路与翻译后修饰
Oncology · Phospho / Acetyl / Ubiquitin / Lactyl

1. 受体酪氨酸激酶与下游 MAPK 通路

EGFR、HER2、MET 等受体酪氨酸激酶（RTK）是实体瘤最常见的驱动基因之一。RTK 自磷酸化后招募 GRB2-SOS 激活 RAS-RAF-MEK-ERK（MAPK）级联，整个通路在 5-30 分钟内可检测到数百个位点的磷酸化变化。

经典可量化靶点

• EGFR Y992 / Y1068 / Y1086（自磷酸化、配体激活）
• ERK1/2 T202/Y204（活化标志，几乎所有 MAPK 课题必检）
• MEK1/2 S218/S222（被 RAF 磷酸化）
• RSK T573（ERK 下游激酶活化指标）

KRAS 突变与 MAPK 重连

KRAS G12D/G12V 等热点突变使 RAS 处于 GTP 锁定状态，绕过 RTK 直接持续激活 RAF。KRAS 突变肿瘤（如胰腺癌、结直肠癌）的磷酸化图谱与野生型显著不同，且对下游 MEK 抑制剂（如 Trametinib）的反应在蛋白质磷酸化水平先于蛋白质丰度显现。质谱层面建议保留 S/T/Y 全磷酸化的广谱采集，同时加入 PRM 靶向定量几个关键节点。

2. 抑癌蛋白：p53 的多层修饰与稳态

p53 是肿瘤领域研究最深入的抑癌蛋白，其功能受磷酸化、乙酰化、泛素化、甲基化等多种修饰协同调控。DNA 损伤后 ATM/ATR 在 p53 S15、T18 磷酸化其 N 端，释放与 MDM2 的相互作用；随后 p300/CBP 在 K382 等多个赖氨酸残基上乙酰化，使 p53 稳定并激活下游靶基因转录。

p53-K382ac 作为功能读出

在乳腺癌、肺癌、结直肠癌临床队列中，p53 K382 乙酰化水平与野生型 p53 患者的预后高度相关。质谱检测时需使用抗 K-Ac 抗体富集（PTMScan 套装），结合 DDA + DIA 双模式比对癌 vs 癌旁差异。

MDM2 介导的 p53 泛素化与降解

MDM2 作为 E3 连接酶在 p53 K48 多聚泛素化上挂链（K-GG 残基 +114.043 Da），将其送入 26S 蛋白酶体降解。在 MDM2 抑制剂（如 Nutlin-3a）处理后，p53 蛋白与 K-GG 水平同步反转，是验证泛素化富集流程的标准对照之一。

3. Warburg 效应与乳酸化

肿瘤细胞即使在有氧条件下也倾向于糖酵解（Warburg 效应），导致乳酸大量堆积。乳酸作为酰基供体在组蛋白 H3K9 / H3K18 等位点上留下乳酸化标记（+72.021 Da），调控肿瘤代谢重编程相关基因表达。

肿瘤乳酸化关键节点

• H3K18la — 肿瘤核心"代谢-表观"耦合标志（与不良预后相关）
• 非组蛋白 METTL16 K229la — m6A-RNA 修饰与乳酸化交叉调控
• VEGFA 启动子区 H3K9la 调控血管新生

4. 临床样本与 FFPE 修饰组学

临床肿瘤样本的最大瓶颈是样本量有限且多以 FFPE 形式保存。FFPE 样本中磷酸化与乙酰化修饰保存相对较好（蛋白仍可被胰酶切出对应肽段），但糖基化与脂质化在长时间甲醛交联下会显著损失。

FFPE 兼容的工作流

1. 石蜡切片（5-10 μm × 10 张），二甲苯脱蜡 + 梯度乙醇复水
2. SP3 磁珠法蛋白提取（兼容微量 + 去垢剂兼容性好）
3. 蛋白量 < 100 μg 时走 IMAC / TiO₂ 小柱法磷酸化富集
4. 质谱建议使用 Astral 或 timsTOF HT（高灵敏度、低样本量）
5. 富集 → 冻干 → LC-MS/MS 进样 → DIA 采集

5. 推荐技术方案