甲基化是组蛋白表观遗传调控的核心标记（H3K4、H3K9、H3K27、H3K36、H3K79 与 H4R3），也广泛发生在非组蛋白上调控 RNA 加工、信号转导与 DNA 损伤应答。
赖氨酸可被单甲基化（Kme1）、二甲基化（Kme2）、三甲基化（Kme3），由 KMT（如 SET 家族、MLL 家族、EZH2）添加、由 KDM（如 LSD1、JARID1）去除。精氨酸可被单甲基化（Rme1）或对称 / 不对称二甲基化（SDMA / ADMA），由 PRMT 家族催化。
针对特定位点使用高特异性抗体（如 H3K4me3、H3K27me3）。Aimsmass 实验室使用经过 ChIP-seq 验证的抗体，结合胶内分离，实现组蛋白修饰的精确定量。
抗 Kme1 / Kme2 / Kme3 抗体用于富集全细胞 K-甲基化蛋白。注意：Kme2 与 Kme3 抗体对底物状态有偏好，需在搜索中设置可变修饰。
酸抽提（0.1M HCl）或盐抽提（高盐）富集组蛋白，SDS-PAGE 分离 H1 / H2A / H2B / H3 / H4 后分别胶内酶解，LC-MS/MS 鉴定全位点修饰组合（如 H3K4me3K27ac 双修饰）。
MaxQuant / Proteome Discoverer 等搜索工具中需设置以下可变修饰（轻标）：
Tazemetostat 等 EZH2 抑制剂处理后的 H3K27me3 全局变化。
PRMT5 抑制剂在肿瘤中调节的 R-甲基化底物谱。
胚胎干细胞分化过程中的组蛋白甲基化重塑。
p53、STAT1、RNA 结合蛋白的甲基化状态调控。
组蛋白修饰组合分析、非组蛋白 K/R 甲基化均提供完整流程。
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